Керамзит получают из глины путем изготовления из нее окатышей небольшого размера, а затем обжига в печи при +1200° Цельсия. В ходе процесса происходит нагрев и расширение газа в окатышах, благодаря чему в глине происходит образование пор. В идеале размер окатышей для получения гидропонного субстрата представляет собой сочетание фракций размером 5–10 и 10–20 миллиметров. Глина бывает различной плотности (в диапазоне 0,5-1 г/куб. см), состава, с разным содержанием воздуха и воды. Содержание влаги достаточно низкое, и только небольшая ее часть доступна из-за силы поверхностного натяжения, но воздуха в ней содержится очень много. В итоге происходит образование стабильных керамзитовых окатышей, имеющих рН 7, у которых нет буферной способности. Они имеют разную форму, окатыши неправильной формы — оптимальный вариант для керамзита гидропоники, поскольку имеют более пористую структуру и обеспечивают большую площадь контакта корней с воздушными массами. Такие окатыши понадобятся для субстратов. Окатыши округлой формы намного хуже, растения на них произрастают медленнее.

Такой субстрат отлично дренирует, потому не требуется цикличное проведение орошения: насос можно оставить включенным. Еще несколько его преимуществ: он не забирает ионы у питательного раствора, легче повторное использование и очищение в промежутке между урожаями. Если в прошлом урожае отсутствовали патогены, то его можно промыть для избавления от ненужных органических веществ. Если это необходимо, возможно вымачивание в отбеливателе для уничтожения возможных патогенов. Несколько видов белых солей может осаждаться на поверхности глиняных окатышей. В ходе испарения воды некоторые минералы выводятся из раствора, он высыхает. Это не представляет особую проблему, скорее, это просто эстетический недостаток. Бурые и зеленые водоросли тоже могут произрастать на субстрате, и будут соревноваться с растениями за O2 и питательные вещества. Если необходимо, чтобы растительности было минимум, и она не мешала, необходимо покрытие окатышей для керамзита гидропоники пластиковым листом либо матом из кокоса.

У обожженной глины есть свои недостатки. У некоторых керамзитовых окатышей есть свойство увеличивать уровень кислотности раствора. Это не страшно, если в системах большой объем воды при малом объеме керамзита. В ином случае при большом объеме окатышей и малом количестве питательного раствора это может создать проблему. Тогда керамзит для гидропоники нужно подвергать обработке, разместив на 1 ночь в кислотный агрессивный раствор с низким уровнем рН (лучше минимальным), соблюдая необходимые меры предосторожности. На следующее утро керамзит гидропонику тщательно промывают для его нейтрализации. Еще один недостаток керамзита: это не благоприятная среда для полезных микроорганизмов. Если их необходимо интродуцировать, то следует добавить к керамзиту около 10% кокосового волокна.